Podczas gdy wszyscy żyjemy spokojnie, na naszej planecie pojawia się coraz więcej pozaziemskich postaci, które doskonale wtapiają się w otoczenie i żyją obok nas latami. Jedyną organizacją, która prowadzi jakikolwiek monitoring jest tajna agencja rządowa MiB, odpowiedzialna za kontrolę aktywności obcych i stałe utrzymywanie tego pod klauzulą największej poufności. Lekko znużony już swoją pracą i życiem Agent K (Jones) i jego energiczny i entuzjastycznie nastawiony do wszystkiego nowy partner Agent J (Smith), prowadzą śledztwo w sprawie kilku przypadków śmierci obcych obywateli, korzystają z pomocy spokojnej, lecz bardzo zaradnej pani doktor Laury Weaver (Linda Fiorentino), która jest zastępcą głównego medycznego śledczego w Nowym Jorku. Razem wpadają na trop międzygalaktycznego terrorysty (Vincent D'Onofrio) o zabójczych intencjach. K i J mają proste zadanie, muszą jak najszybciej złapać kosmicznego intruza, zanim doprowadzi do unicestwienia Ziemi. Nic nowego, kolejny typowy pracowity dzień dla facetów w czerni.
