Akcja filmu rozpoczyna się sekwencją snu młodej dziewczyny, w którym jej rodzice zostają siłą zabrani z domu przez żołnierzy. Gdy się budzi, widzi swojego brata czytającego zapiski dotyczące alchemii, które należały do ich rodziców. Gdy rodzeństwo schodzi na dół, zastaje przerażający widok – dwa powieszone, ociekające krwią ciała. Wiele lat później w Amestris kryminalista ucieka z więzienia, a Edward i Alphonse Elirickowie dołączają do pościgu za zbiegiem. Bracia wdają się w potyczkę z uciekinierem, który okazuje się niebezpiecznym przeciwnikiem umiejącym tworzyć lód oraz błyskawice z kręgów alchemicznych.
