Agenci Jay i Kay raz jeszcze łączą siły, tym razem muszą stawić czoło diabolicznej kusicielce, która może się okazać największym dotychczasowym wyzwaniem dla 'Facetów w czerni”.
Cztery lata po tym jak dwójka walczących z niebezpiecznymi kosmitami agentów - Jay i Kay (Tommy Lee Jones i Will Smith), uchroniła Ziemię przed międzygalaktyczną zagładą, wszystko wróciło do normalności, Kay korzysta z dobrodziejstw życa typowego szarego człowieka, podczas gdy jego były partner Jay wypełnia rolę najbardziej irytująco sprawnego pracownika nieoficjalnej rządowej agendy ds. regulowania wszystkich kosmicznych poczynań na Ziemi. W trakcie kolejnego rutynowego śledztwa z kosmitami w roli głównej, Jay wpada na ślad diabelskiej intrygi, której autorką jest Serleena (Lara Flynn Boyle) - przerażający potwór paradujący po Ziemi w przebraniu seksownej modelki specjalizującej się w pokazach damskiej bielizny, której wszędzie towarzyszy jej dwugłowy i mało rozgarnięty wspólnik, Scrad/Charlie (Johnny Knoxville).
Kiedy Serleena przejmuje kontrolę nad siedzibą MIB, Jay prosi o pomoc przebywającego na zasłużonej emeryturze Kaya, którego doświadczenia mogą się okazać ostatnią nadzieją dla świata.
